Вакуоль водоросли - это большое, заполненное жидкостью пространство, составляющее около 90 % всего объёма водоросли. Цитоплазма (жидкая, желеподобная, основная субстанция внутри клеточной мембраны) с клеточными органеллами полностью оттиснена к стенкам клетки. Вакуоль окружена мембраной, тонопластом.

Вакуоль служит для накопления ионов, сахаров и витаминов и т.д. Зачастую можно найти кристаллы и зёрна крахмала в вакуоли. Эти большие концентрации позволяют клетке водоросли усваивать воду из окружения (осмоз). Благодаря наполнению (опухание) водоросль приобретает свою форму.